Las noticias más antiguas referentes a Enkarterri provienen del siglo XII y la primera mención a las reuniones en Avellaneda se data en 1394. Fue a partir de 1500 cuando cada concejo comenzó a enviar un representante a las Juntas, época en la que también se construyó la primera Casa de Juntas, sustituida por la definitiva en 1592 y que, tras profundas remodelaciones en la segunda mitad del siglo XX, adoptó la forma actual.

La Casa de Juntas fue durante siglos emblema de las libertades políticas del territorio. Reconvertida en el Museo de Las Encartaciones, es un espacio para la investigación y la difusión de la historia, el patrimonio y la etnografía de la comarca.